Organizmanın vücuda giren yabancı maddelere ve sevmediği proteinlere karşı gösterdiği reaksiyondur. Vücudun kabul etmediği yabancı maddelere "antijen" adı verilir. Vücut, antijenleri etkisiz hale getirmek için bunlarla savaşacak "antikor"ları üretir. Antikorlar yabancı maddeyi öldürür; akyuvarlar da ölü maddeleri ortadan kaldırır. Vücut savaştığı bu antijen maddeyi unutmaz. İkinci bir defa onunla karşılaştığı zaman, öncekine kıyasla çok daha hızlı ve tesirli bir şekilde karşı koyar. Bulaşıcı hastalıklar konusunda buna "vücudun o mikroba karşı bağışıklığı" diyoruz.

Yukarıda vücudun sevmediği proteinlere karşı da reaksiyon gösterdiğini söylemiştik. Bazı bünyeler her türlü proteini kabul edebilirken, bir kısım bünyelerin sevmediği proteinler vardır. Her bünyenin sevmediği proteinler başka başkadır. İşte şahıstan şahısa değişen ve bünyenin sevmediği proteine karşı reaksiyon gösteren bu özelliğine "alerji" diyoruz. Vücut, sevmediği proteine karşı aynı yabancı maddelerdeki gibi antikorlar üretir ve o protein maddelerini yoketmeye çalışır.

Bebekler, bir yaşına kadar bazı proteinlere karşı reaksiyon gösterirler. Kadınlar, daha çok, ergenlik çağında, ayhali dönemlerinde, hamilelikte ve menopoz dönemlerinde bazı proteinlere karşı alerji duyarlar. Zayıf kişiler, şişmanlara kıyasla, alerjiye daha yatkındırlar. Alerjinin mesleklerle de yakından ilgisi vardır. Fikir işçileri, kimyevi madde üreten tesislerde çalışan kimseler, değirmenciler, eczacılar, laborantlar, hastahane işçileri ve ilaç fabrikasında çalışanlar alerji vakaları ile sık karşılaşırlar. Alerjinin sinir sistemi ile de yakın ilgisi vardır. Normal insana kıyasla hassas bir bünyeye sahip olanlarda alerjiye sık rastlanır. Bazı ailelerde aynı tip alerjinin sık görülmesi, bu reaksiyonun kalıtımla da ilgisi olduğu ihtimalini kuvvetlendirmektedir.